员都停了傣禄。偏巧正在此时,发生了山东乡试泄题事件,于慎行身为礼部尚书,虽然是科考的主要领导,但说起来只是有一定的领导责任,可于慎行仍然毫不犹豫地引咎辞职。
万历十九年九月,于慎行的辞职获万历批准,于慎行遂归隐故乡。他家居十余年,朝野上下多次荐他出山,万历皆不同意。直到万历三十五年,东宫已立、国本已定,廷推内阁大臣时,于慎行名列七位候选人之首。万历见势不可违,才命他以原官加太子少保兼东阁大学士入阁办事。但这时候,于慎行已经重病缠身,只能勉强到京觐见。不数日,卒于京华官邸,年六十三岁。于慎行死后,赠太子太保,谥文定。