万历二年的一月二十六，皇帝在南海子校场大阅京营。因京营队列散漫，制军礼不肃。皇帝震怒之下，京营掌营加上曾巡视京营的给事中被一体斩首，震动天下。
因廷鞫时间较长，本来安排的蓟镇和京营火器、车营作战演示未阅而罢。朱翊钧杀人立威后，大驾返城。陪同众臣在回去的路上，基本都想明白了此次大阅为什么没有外藩使者一起观阅。
朱翊钧回宫后，将大阅情形细细的跟李太后讲了一遍。李太后听了，心中怦怦乱跳。
朱翊钧今日之措置，已经远超她治政能力的极限，她也分析不出来对还是不对。最后只能道：“皇帝既然和张先生早有筹划，却做的甚好。此后办事还是要多和张老先生商量。”朱翊钧答应了。
此事之后，李太后一般不在朝政问题上发言，只有朱翊钧追问时，才说说自己的看法，语气都怯生生的。朱翊钧判断，帝位已稳，或可稍微破点小格。
返宫第二天，朱翊钧即传旨兵部和顺天府，配合南海子驻扎的戚继光点选京营之兵，凡戚继光挑中的，留下。未挑中的，一律发路费遣返各卫所。
经戚继光带领蓟镇军官点选，六万六千京营兵，仅八千符合要求，其余五万六千兵尽数让兵部和顺天府安置。
顺天府尹施笃臣磨不过戚继光，无奈上奏疏道：“臣承旨供给京营，配合戚继光点选兵士，并不畏难。然京营之兵来自京畿、北直隶等各处卫所，远的也有辽东等处。臣查兵部选簿，人名不符者十之五六，多为不事生产者。若不分良莠，尽数返卫......臣恐各卫所依前占护，有生乱召危之忧。”等等。
张居正接了奏疏，也是头大。京营这些年从各处卫所抽兵，根本敌不过各卫都司和千户或明或暗的抵制，再加上自身有意吃空饷——选簿和人对不上的情况竟占了一半，都是从京畿附近自己召的兵，为了校阅或者装样子。
这些人若按选簿所记，打发到卫所，卫所根本不会接，因为在选薄上的兵都在给千户家种地呢，根本没离开。这些仅仅顶着名字的闲汉去了，哪个理他？时间一长，必生变乱。
若不打发去卫所，这三万多闲汉放到京畿地面，去年的严打成果立即化为乌有。张居正跟吕调阳商量半天，想出两个办法：一是出一笔耕牛种子钱，把他们连家带口打发到边镇垦荒；二是直接分到工部或内府，让他们修建道路或者务工。
两件事都要请旨，张居正就奏请朱翊钧圣裁。朱翊钧览奏后，批到：