绞刑。工部涉案的官员、差役四十多人三司会审后，一体被判斩首、抄家，其余三十多人抄家、流放。
因直殿监少监王利受贿，致主上安危于不顾。东厂取得口供第三天，朱翊钧未经三司会审，直接判其剐刑，并责令少监以上的各司、监首领观刑。
直殿监首领殷祥监管不力，且有受贿事，发孝陵。其余与西苑宫室建设有关的直殿监人等，或杀或逐。
一番大砍大杀，宫内宫外震怖。朱翊钧正月大阅，斩杀勋贵数名，部分勋贵还以为是皇帝恶了勋家。
此次看见了王利、杨松等的下场，不光是勋贵，连同朝臣、百姓都知道，这皇帝是个杀星下凡。
虽未像太祖、成祖那般迭兴大案，但万历二年春天还没过，这杀掉的人头筑个小京观都够了。
一时之间，天下万马齐喑。去年还磕磕绊绊的考成之法得以彻底贯彻，各部、司将自家的五年规划和万历二年的本年任务齐齐调高了一截。
万历二年四月初一，葛守礼不再抱病，上班第一件事即上疏奏请兴革都察院。
张居正贴黄“请圣裁”，朱翊钧批红“可”，并令葛守礼将兴革方案细化复奏。随后，令御史、科道滋味难明的圣旨下来，将都察院大作兴革。
......
明太祖出身贫苦，对元末的腐败现象刻骨铭心。建极以后，以重典治世，建立了有史以来最严密的巡视监察网络。而都察院，就是这巡视、监察网络的核心。
都察院的职能分为内职掌、外职掌和地方上的按察司。
内职掌掌管两京刷卷、巡视京营、巡视京师仓储、皇城、五城兵马司等。
外职掌即为出巡御史，分为专差和巡按两大类，主责巡视地方，有“大事奏请，小事立断”之权。
按察司为地方固定的监察机关，除南京外，设立十三道按察司。按察使和布政使、都司并为本省三巨头，主管一省刑名按察之事。
朱元璋的本意是地方监察加上中央巡查，以都察院为核心构建全国反腐、监察体系，永葆大明无贪腐之弊。然而，事与愿违，明中期以后，都察院已经因为其体制和整体吏治腐化的原因，基本上失去了反腐监察之能，其中重要原因是体制弊病。
明制，左都御史虽然为都察院首脑，但其对监察御史并无任免之权，只有分派任务之权。
监察御史巡视之后，其奏章左都御史不得与闻。此法为养台谏独立办案