组织机构的建立是一切行政的基础。内阁扩大之后，文渊阁本就紧张的办公场所明显不够，朱翊钧将西苑南海的部分宫室进行了扩建、翻修，以宫墙隔之，并题之名为“政事堂”，作为内阁新的办公地点。
原内阁在紫禁城的办公地点文渊阁，就空出来用作内务府的办公地点，内务府下设的侍从室还在养心殿。
如此一改，内阁在空间上也变更了它本来的用途，文武百官都看得清清楚楚：以前的张居正，以“备以顾问”大学士的名头，实际担任着首相的工作。今日搬入政事堂的张太岳，则已经做到了“名实相符”，总理内阁大臣张居正执掌的就是前朝宰相的权柄。
政令在制度上的混一，大大的强化了内阁的权威，让张居正在法理上具有了控制政府的权力。可以说，除了军权、司法权和侍郎以上的人事权由皇帝亲掌，张居正的权柄之重，在历朝历代的宰相中，也排在前列。
与故宋政治制度不同的是，政事堂并非由中书门下省合并而来，也非与六部并列，而是直管变法后的九部。张居正总理政府，并分管礼部、吏部。其下设副相若干，分管其余各部：
吕调阳分管民政部、教育部；王国光分管度支部、驿政部和原工部加户部两部分职能合并而成的农工商部；张四维分管刑部和建设交通部。
六部化为九部，在分散了权力的同时，又将原有的四寺进行了集中：太常寺、鸿胪寺并入礼部；光禄寺并入内务府；太仆寺并入驿政部。
除上述变化外，大理寺、都察院名称没有变化，职能则进一步扩大，且不受内阁管辖，与九部尚书级别并列，受皇帝直辖；
原属于辅臣部门的通政使司取消，职能一分为二，部分划归侍从室，部分划归内阁；翰林院名称、职能不变，受皇帝和内阁共同管辖；国子监归属教育部；宗人府、詹事府名称、职能不变。
在整个改革中，最让朱翊钧头疼的是六科：这个封建集权的强力抓手，放在任何一个序列都违和，且都会带来朝廷运转的低效率。
最后，经过反复思索，朱翊钧不能放弃这个朝政的纠错器和减压阀，因此六科名称未变，职能扩大：朱翊钧将朝廷行政管理体制和机构改革以及机构编制的日常管理工作从吏部剥离，放在了六科——即后世的编制委员会办公室。
事实证明，六科的改革成为整个机构变革的点睛之笔——在新的各部职能交叉、权力清单的确责上起了决定性的作用。