除了高衡和郑森的联军在码头布防之外，城外其他几支部队也没闲着，史可法召集了黄日芳、秦士奇、黄铉、孙芝秀、应廷吉、胡尚友、韩尚谅等七路人马，在城外设立了几道防线，第一道防线依然在邵伯镇，虽然前面的明军被击溃，但随着塔克舒的人马被高衡歼灭，明军重新控制了邵伯镇。
作为扬州城北十里的第一道防线，史可法当然是放置重兵进行防御，邵伯镇的地理位置说起来很不错，背靠扬州，面对邵伯湖，邵伯湖实际上属于京杭大运河的一部分，若是有一支强大的水师能控制运河，跟邵伯镇的明军互为掎角之势，清兵还真要吃大亏。
奈何，明军没有这么一支水师，郑森和高衡的船队本来规模就很小，又要协防扬州码头，分身乏术，如果能福建水师有更多鸟船，封锁运河的话，清军可真要头疼了。
没办法，史可法只能加强陆地上的防御，应廷吉、黄日芳、秦士奇、黄铉四路人马都聚集在邵伯镇，不过这四路人马加起来也只有五千人，而且大部分都是类似民团的部队，战斗力很弱，史可法又命令何刚带领两千明军正兵助阵，其中有五百火铳手和五百弓箭手，算是将邵伯镇的防御给加强了不少。
另外，在西南角的旧江口，有孙芝秀的一千人驻扎，旧江口是联系应天府最近的港口，若是有朝廷方面的援军到来，最短路线就是旧江口，史可法分出一部分物资放在这里，命令孙芝秀的民团驻扎。
剩下胡尚友和韩尚谅的三千多人放在东边的万寿镇，从地图上看，邵伯镇、万寿镇和旧江口正好是一个三角形，将扬州围在其中，算是形成了一个防御阵型。
而扬州城内，除了福建水师防守码头之外，史可法总共募集到了八千民团，算上一万守军，去掉何刚带走的两千人，尚有一万六千人，民团和明军各一半。
三月二十九，史可法在城内督师衙门议事，各级将官全部到达。
史可法环顾众人道：“此战万分凶险，本督再次拜请诸位，请诸君尽力。”
“我等听从督师调遣！”刘肇基声若洪钟，后面众将都是一同抱拳吼道。
史可法抽出令箭，递给刘肇基道：“北门乃此战要地，重中之重，非军门镇守不可，本督给你五千人马，再让马应魁带领三千民团，将城内一半的人马交给你们，防守北门。”
刘肇基和马应魁出列吼道：“得令！”
随即，史可法又抽出一支令箭，递给督标营营将史德威道：“史将军