不过，等朱由校刚回乾清宫不久，方从哲和韩爌两内阁大臣就急着求见。
朱由校只好打消去看看手工纺纱机的制作进程，见了方从哲。
而方从哲和韩爌一见到朱由校，方从哲就忙道：“陛下，大事不好，六部、都察院、六科、鸿胪寺、太常寺、太仆寺、国子监、翰林院等皆有大量官员上疏辞官，合计有上百人，连吏部天官周公、礼部少宗伯孙公都上疏辞官，臣等不敢批准，还请陛下圣裁！”
韩爌也跟着说道：“陛下，神庙因病许久不能视朝，致使天下缺官严重，而先帝即位也不过一月，补官也没来得及补齐多少，部分地方已经无官管理许久，乱象丛生，如今如此多京官再一离职，恐朝廷大乱呀！”
朱由校看了韩爌一眼，他自然明白这肯定是东林党的一帮文官因为对自己处决高攀龙、缪昌期、周延儒等东林党官员不满而集体辞官，想以此来威胁自己。
但朱由校并不在乎，因为据他所知，这天下就不缺想做官的人。
比如，历史上有一个王朝，因要求只有阉人才可以做官，即便如此，都还有很多文士宁肯挥刀自宫也要抢着去朝廷做官，何况在大明还没有这种要求，而且大明还有更多的文士。
所以，朱由校只冷笑着问：“皇明养士两百余年，这天下还缺做官的？”
然后，朱由校吩咐道：“批准他们辞官！但在明知朝廷现在运转困难、诸多政务堆积荒废而使社稷难安，却突然要辞官，而不是等明年改元大事皆定后再辞官，可见是置朝廷社稷于不顾，尤其是这些堂官，其公忠体国之心何在？在票拟时务必予以申饬，并在批准时票拟出以下几条旨意：
第一、此次辞官者，一律革职为庶民，不享受恩荣致仕待遇，不得驰驿归乡！既然不体谅朝廷，那也别怪朝廷不体谅他们；
第二、子孙三代不准科考，恩荫全部取缔！如此不忠于国，其家教也必然不行，其后人也必无忠孝观念，潜心习学圣人三代之学后再为国效力；
第三、着都察院会同六科组成特别京察组，对这次辞官京官进行临时的特别京察，调查履职期间有无未荒废而未决的政务，视其对朝廷的损失程度定罪拟罚，造成亏空的抄家也好借款也罢，都得补足亏空！有贪污的，由三法司定罪！以免牵累继任者，调查清楚前不得离京！”