之外，朱由校也下旨让徐光启和卢九德组建近卫营步兵第四千总部，并调周遇吉任近卫营步兵第四千总部千总，以及抽调在京休整的近卫营步兵第一千总部的中层武官组成教导队，和周遇吉一起训练近卫营步兵第四千总部的士兵。
同时，黄得功所部骑兵也在朱由校下旨后训练骑兵第二千总部。
这样一来，朱由校在京师的羽林亲军除了刚刚从辽东回来的近卫营步兵第一千总部以及骑兵第一千总部的黄得功所部，就是在训的近卫营步兵第四千总部和骑兵第二千总部。
而在这一切安排妥当后，朱由校才正式着方从哲下旨，以衍圣公府目无君上、要挟朝廷、意图谋反为由，着去山东查邪教案的近卫营步兵第三千总部除贼护君。
“《皇明报》立即发文，剖析衍圣公府窃据圣人血脉，而意图谋乱之野心，并将其昭示天下，并着崇文寺查禁天下各大涉及衍圣公孔府的文章书籍，予以销毁，并着天下忠义文士撰文揭露衍圣公目中无朕、勾结鞑虏邪教、企图谋反的狼子野心！着英国公张维贤与大学士韩爌去南京祭孝陵，告知太祖曲阜孔府伪造圣人血脉、并欺皇室之罪，告知太祖朕决意铲除窃据圣人血脉并卖汉家尊严而求荣的无耻之曲阜孔家！”
朱由校对方从哲吩咐了起来。
方从哲回道：“臣领旨！”
同时，方从哲又道：“趁此机会，臣认为当改革天下礼制，明谕天下，大明只能有一圣，此圣当是天子！而所有人臣不得另造圣贤而抗朝廷王法！当谕礼部，今后各官学社学以及官府准办之私塾书院当不再挂孔子像，而应挂当朝天子像，以避免天下士子只知有至圣先师，而不知天子，只知有师，而不知有君！”