在他的努力下，教会很快就和拿破仑修复了关系。
1804年，拿破仑登基的时候，就是教皇庇护七世为拿破仑加冕的。
不过，虽然利用教会作为工具，但是拿破仑内心里对教会还是非常不屑的。在加冕仪式上，他从教皇手中抢过了皇冠，自己为自己戴上，明确地昭示天下，自己的皇位是自己打下来的，并非由教皇所授——两边的关系也随之现了原型。
在之后，拿破仑和教会的关系也急转直下。
教皇原本以为拿破仑帝国会和波旁王朝一样，成为天主教世界的支柱，然而拿破仑却把帝国当成了他个人野心的工具。
1809年拿破仑进攻维也纳，然后并吞罗马教皇国属下的各邦，庇护七世大发雷霆，宣布将拿破仑革除教门。拿破仑便于1809年7月6日逮捕了梵蒂冈中的教皇庇护七世并将其押解回萨沃纳囚禁。
庇护七世教皇经过了五年的囚禁生活后，才在拿破仑1814年退位后才被释放。
很明显，两边最后的关系变成了决裂状态。
他奶奶莱蒂齐亚-波拿巴的弟弟，也就是他的舅姥爷约瑟夫-费什(josephfesch)，是教会的红衣主教，当年也在教会当中煊赫一时，还主持了他的洗礼仪式；但是他这个红衣主教完全是因为拿破仑的关系所以才在法国得到的，而在拿破仑和教会的关系破裂之后，他在教会当中的地位也大大下降。
最终，在拿破仑退位之后，他回到了罗马，然后被投闲置散，现在只能在罗马过上退休生活，指望他在教会当中发挥影响力是不太可能了。
所以熟知这些掌故的艾格隆，根本就不指望罗马教会对波拿巴家族的态度。
“如果庇护七世还在世的话，我想他们确实很难改变主意，但是现在情况不一样了，我们有新的教皇可以打交道。”法利亚神父再度微笑了起来，“陛下，这也是上帝在帮助您。”
确实，和拿破仑有深仇大恨的庇护七世教皇已经在1823年去世了，接替他的是利奥十二世教皇，一朝天子一朝臣，教会内部自然也进行了大量的人事变动，曾经的仇恨现在看来似乎也不算什么了——毕竟当年法国国王腓力四世一样劫持囚禁了教皇，后来的国王还不是继续当天主孝子？
“您说得确实有道理。”艾格隆点了点头，“那您觉得应该怎么运作呢？”
“您算是找对人了！”神父的眼神里闪过一丝得意，但是很巧妙