诸政权间战事不断，倭国长期处于动荡局面。最终各国一致推举出带有巫祝色彩的女王卑弥呼主政，倭国内部方逐渐稳定。
执政后，卑弥呼一方面在伊都国中设置了令诸国忌惮的“一大率”来监督各国；另一方面，其主动融入中国王朝构建的东亚世界体系，并获得了曹魏政权的册封。上述在内政外交上的一连串举措颇有成效，卑弥呼不仅奠定了其在国内的强势领导地位，在与日本列岛上其他政权发生冲突之际，还获得了中国王朝强有力的支持。
狗奴国位于邪马台国的南部，其并未被纳入倭人联合体政权之中，两国间一向冲突不断。为缓和这种局面，卑弥呼并未选择继续使用军事手段，而是转而求助于曹魏。最终，由曹魏政权出面，派遣使者携带着诏书、黄幢、以及檄专程诫谕了狗奴国国王。诏书代表了中国皇帝的最高旨意，檄作为军事文书则带有军事威胁的意味。
实际上，卑弥呼巧妙地利用了曹魏政权在东亚世界中的政治、军事影响力，压制了狗奴国的对抗。正是在与中国王朝频繁的接触过程中，倭国不断成长壮大，逐渐由一个松散的联合体政权向着统一国家演进。
邪马台国，虽然历代也以男人为王，但是在连续六七十年的战乱之后，他们拥立了卑弥呼担任女王。卑弥呼擅长用鬼神之事迷惑百姓，年纪虽然很大却没有结婚，只有弟弟辅佐朝政。卑弥呼为王以来，从来没有外人能够见到她的面，只有千名仕女以及一名送伙食的男人出入宫闱。
公元二三八年，卑弥呼派遣使者难升米朝见魏帝曹睿。魏帝赐予卑弥呼以刻有“亲魏倭王”的紫绶金印一枚，包括铜镜百枚在内的礼物若干。邪马台国与另一个由男王统治的狗奴国向来不和，她特地再次派遣使者来到魏国求助。魏帝派出使者表示支持邪马台国，但是狗奴国对魏帝的檄文却似乎并不在意。在长期的战争中，卑弥呼去世了。邪马台国拥立了一名男性为王，但是国中却引起大乱，只好再度拥立卑弥呼一族的女性“台与”为女王，这才平息了内乱。
公元三二六年，台与再度派遣使者来到中国。此时三国时代已经结束，晋朝占据了主导地位。再往后，邪马台国就从中国的史书中失去了踪影。
邪马台国的所在地位于后世的九州岛，据《后汉书》和《三国志》记载，倭国或邪马台国在日本列岛的九州岛的东北部。邪马台是Yamato（日语大和）的音译。
邪马台国官吏从中央到地方分七级。中央一级官员由大倭、大率、大夫组成。